南部分館掌理事項如下：
一、南部分館館藏發展、圖書資料典藏及讀者服務之執行。
二、南部分館特藏文獻保存、修復及讀者服務之執行。
三、臺灣兒童及青少年文學文獻保存與讀者服務之規劃及執行。
四、圖書資訊服務創新育成之執行。
五、圖書文物及臺灣出版產業相關典藏品展示、教育推廣之執行。
六、國家聯合典藏合作發展之規劃及執行。
七、國家聯合典藏圖書資源與數位物件保存服務之規劃及執行。
八、南部分館資訊機房、設施設備、系統及數位服務之執行。
九、南部分館整體營運、行政管理與營繕工程之規劃及執行。
十、其他有關南部分館管理事項。