本館掌理事項如下：
一、營運管理、科學研究、館務規劃、建教合作、推廣教育、學術及館際
交流、資訊管理、圖書期刊企劃與執行等事項。
二、海洋生物之取得、鑑定、補充、育種、繁衍、養殖、馴養、魚病管理
與治療、水質檢驗分析、水族維生系統操作管理保養及海洋生物與生
態研究等事項。
三、電機、機械、管路設備、液態氧、維生系統、營繕工程及建築物公共
安全維護之規劃與執行等事項。
四、海洋生物展示主題與特別展示節目之規劃、設計、研究、說明、展示
構件機具之保養、控制、操作、維護及生物標本蒐集、製作、典藏、
管理等事項。
五、海洋生物科學教育之規劃出版、設計、推廣、行銷、各級學校與社會
教育輔導及海洋相關出版品之編纂、發行等事項。