督察長室掌理下列事項：
一、戰術、技術、教育訓練、後勤補保、常規管理、專案及專題視察之督察。
二、海事、航空器失事調查、處理建議與相關行政規則之擬訂及審議。
三、施政督察、績效評核之規劃及執行。
四、法律事務工作、軍法教育、輔導訴訟、國家賠償業務之執行、處理及督導。
五、軍紀風氣維護、官兵權益保障、財產申報、行政調查之規劃、督導及執行。
六、財務稽核作業之規劃、督導及執行。
七、軍醫行政、航潛醫務、醫療保健、衛生勤務、衛材補給、預防醫學等各項衛勤戰備整備之規劃、督導及執行。
八、海軍學術月刊之編撰及發行。
九、艦艇物資裝備、新造、接收艦艇之檢查、檢驗與服役、除役之建議；艦艇性能改進與檢驗標準審訂、檢修工作之研究發展與資料建立；重大專案性整備工程之勘查及建議。
十、其他有關督察業務。