大學系統得以下列方式進行合作及整合：
一、以大學系統辦理招生。
二、以大學系統共同開課。
三、大學系統內各學校學生得跨校申請逕修讀博士學位，其程序依學生逕修讀博士學位辦法規定辦理。
四、大學系統內各學校得訂定與系統內其他學校學生相互轉校規定，報教育部核定後實施。
五、大學系統內各學校師生得共享資源。
六、大學系統內各學校教師得以下列方式在系統內各學校流動：
（一）於各學校開課及指導研究生，並得併計入教師基本授課時數。
（二）於各學校借調，得不受義務返校授課規定之限制。
（三）於各學校進行跨校合作研究。
七、其他為達成大學系統發展及各學校整合之目標，於各學校之各項合作及整合事項。
前項第三款相關作業事項，大學系統內各學校應納入學則規範。