審計部設下列各廳、室、處：
一、第一廳：掌理普通公務審計事項。
二、第二廳：掌理國防經費審計事項。
三、第三廳：掌理特種公務審計事項。
四、第四廳：掌理公有營業及公有事業審計事項。
五、第五廳：掌理財物審計事項。
六、第六廳：掌理數位及科技發展審計事項。
七、覆審室：掌理覆核聲復、聲請覆議、再審查、重要審計案件及不屬各廳之審計事項。
八、資訊處：掌理資訊系統發展、資訊設備維運及資安管理事項。
九、秘書室：掌理覆核文稿與承辦會議及長官交辦事項。
十、總務處：掌理文書、印信、檔案、出納及庶務等事務。