專營電子支付機構或受託銀行應與專用存款帳戶銀行簽訂契約，約定雙方之權利、義務及責任。
專營電子支付機構與管理銀行所簽訂契約，應至少包括下列事項：
一、雙方之權利義務，並不得有與保障使用者權益相牴觸之事項。
二、雙方發生爭議之處理方式。
三、專營電子支付機構應負責確認使用者支付指示之真實性及正確性，並確實依使用者支付指示進行支付款項移轉作業，除依法院之裁判或其他法律之規定外，不得有遲延支付之行為或接受第三人有關停止支付、匯款或其他類似之請求。
四、專營電子支付機構應配合提供之相關資訊或報表內容。
五、管理銀行對專營電子支付機構之收費標準。
六、專營電子支付機構經營業務應符合相關法令規定及與管理銀行所簽訂契約，如有重大違反情事，管理銀行得限制或暫停專營電子支付機構移轉、動用或運用所有專用存款帳戶之支付款項，並通報主管機關。
專營電子支付機構或受託銀行與合作銀行所簽訂契約，應至少包括下列事項：
一、前項第一款至第三款事項。
二、合作銀行對專營電子支付機構或受託銀行之收費標準。
三、合作銀行應向管理銀行報送之相關資料內容。
四、專營電子支付機構經營業務應符合相關法令規定及與管理銀行、合作銀行所簽訂契約，如有重大違反情事，合作銀行應通報管理銀行，並依管理銀行指示辦理前項第六款之行為。
專營電子支付機構或受託銀行與清算銀行所簽訂契約，應至少包括下列事項：
一、第二項第一款及第二款事項。
二、清算銀行對專營電子支付機構或受託銀行之收費標準。
三、清算銀行應向管理銀行報送之相關資料內容。
四、專營電子支付機構經營業務應符合相關法令規定及與管理銀行、清算銀行所簽訂契約，如有重大違反情事，清算銀行應通報管理銀行，並依管理銀行指示辦理第二項第六款之行為。
由管理銀行以受託銀行名義開立合作帳戶時，不適用第三項第三款及第四款規定；由管理銀行以受託銀行名義開立清算帳戶時，不適用前項第三款及第四款規定。