受補貼機構有下列情形之一者，由中央主管機關依職權停止其稽核認證：
一、對中央主管機關、稽核認證人員或中央主管機關委託之專業人員施以暴力性之行為，應停止稽核認證二年。
二、對中央主管機關、稽核認證人員或中央主管機關委託之專業人員施以非暴力性之威脅，應停止稽核認證六個月至一年。
三、下列情形停止稽核認證一個月：
（一）拒絕中央主管機關、稽核認證人員進入受補貼機構進行稽核認證及查核作業。
（二）拒絕提供稽核認證及查核工作所需相關文件或資料。
（三）依前條規定記點每三個月累計超過十點者。
四、下列情形停止稽核認證至完成改善為止：
（一）整廠（場）區與申請受補貼資格文件不符者。
（二）拒絕提供查核所需場地、設備及作業需求等情事者。
（三）未經中央主管機關同意積存再生料或廢棄物超過三個月之產生量，或積存之再生料或廢棄物未於中央主管機關同意之期限內處理者。
（四）稽核認證設施功能失常，且未即時修復或使用替代設備者。
（五）變更公司名稱或負責人未依本法相關規定辦理變更者。
（六）受補貼機構回收清除處理應回收廢棄物違反環保法令，遭直轄市、縣（市）主管機關處分或當地民眾舉發，經中央主管機關接獲直轄市、縣（市）主管機關之通知或查核屬實者。
受補貼機構於停止稽核認證期限屆滿或改善完成後，始得向中央主管機關申請恢復稽核認證作業。
受補貼機構涉及不當詐領回收清除處理補貼費之犯罪行為，經檢察機關起訴者，或依應回收廢棄物回收清除處理補貼申請審核管理辦法相關規定停止補貼或撤銷、廢止受補貼資格者，中央主管機關應依職權停止其稽核認證。