認證手冊由中央主管機關定之，作為稽核認證作業執行依據，其內容至少應包括下列事項：
一、稽核認證項目、對象、場所、時間、應記錄保存文件及作業流程。
二、稽核認證團體指派每廠次之現場稽核人員之數量、資格、輪派頻率及訓練管理。
三、稽核認證設施規範、設置地點及維護管理。
四、應回收廢棄物之允收標準、雜質、雜質率、主軸元件、進貨、庫存及出貨管理、貯存及其他各項查驗程序。
五、處理過程之作業規範及未完成處理之應回收廢棄物退回處置方式。
六、訂定應回收廢棄物或其再生料、廢棄物之清除頻率、種類、數（重）量、貯存期限及可申請稽核認證之累積數量及程序。
七、應回收廢棄物回收處理後之處理效能、質量平衡、稽核認證量及其他各項回收數值計算方式。
八、稽核認證作業異常之判定原則、通報單位、期限及後續之追蹤處理方式。
九、稽核認證之違規扣（重）量、記點及稽核認證作業停止、恢復之規定。
十、稽核認證團體進行憑證及環境查核之作業原則、時程、查核重點及後續處理方式。
十一、其他經中央主管機關指定有關稽核認證之事項。