第二條第一項所定獎勵及補貼，包含維護生態保育獎勵及有機農業生產補貼。
前項獎勵及補貼之基準如下：
一、有機轉型期驗證土地得申請維護生態保育獎勵及有機農業生產補貼，同一土地獎勵及補貼最長三年，其金額如下：
（一）水稻及蔬菜每年每公頃新臺幣六萬元，其他作物每年每公頃新臺幣八萬元。同一土地混植作物，以較低之作物項目計算獎勵及補貼。
（二）畜牧場依登記面積每年每公頃新臺幣二十四萬元。
（三）水產養殖每年每公頃新臺幣八萬元。
二、有機驗證土地得申請維護生態保育獎勵，其金額如下：
（一）作物每年每公頃新臺幣三萬元。
（二）畜牧場依登記面積每年每公頃新臺幣二十四萬元。
（三）水產養殖每年每公頃新臺幣三萬元。
（四）有機驗證土地因故回復為轉型期驗證者，仍依有機驗證土地獎勵基準予以獎勵。
三、友善環境耕作土地得申請維護生態保育獎勵，每年每公頃新臺幣三萬元，同一土地獎勵期間最長三年。
前項土地未滿一公頃，按比例發給。
第二項金額應按月計算，未滿一個月者，當月不予計算；因轉型期滿轉換為有機驗證，致同一土地於同月份同時具有機轉型期驗證及有機驗證資格，當月份按有機轉型期驗證土地獎勵及補貼基準計算金額。
有機農業生產採密閉型環控設施經營，或水泥、柏油等鋪面之土地面積，不予獎勵及補貼。但畜牧場登記範圍之土地及設施不在此限。