扣案毒品銷燬之處理程序如下：
一、扣案毒品於判決確定前，偵查中經移送機關向檢察官聲請或檢察官依職權，於徵詢被告意見後，得以處分命令銷燬之。
二、扣案毒品之銷燬事宜，由各地方檢察署或由各地方檢察署委託其他地方檢察署、司法警察機關辦理之。
三、贓物庫收受承辦檢察官處分命令，辦理銷燬事宜時，應先查核欲銷燬之毒品品項、數量是否相符，且確定在贓物庫、法務部調查局毒品保管專庫或在其他代保管處所，再依處分命令造列銷燬清冊，函報臺灣高等檢察署（以下簡稱高檢署）或褔建高等檢察署金門檢察分署（以下簡稱金門高分檢署）核准。有發現毒品未在贓物庫、法務部調查局毒品保管專庫或其他代保管處所情形，應即報請承辦檢察官處理，不可預為列冊函報銷燬。
四、扣案毒品銷燬之過程，應由第二款辦理銷燬之機關全程錄音錄影，銷燬後應檢具銷燬紀錄、照片及錄影光碟（一式三份），由移送機關、檢察官留存及函報高檢署或金門高分檢署備查。