主管機關應依海域環境分類，就其所轄海域設置海域環境監測站或設施，定期公布監測結果，並採取適當防治措施；必要時，各目的事業主管機關並得公告限制海域之使用。
對主管機關依前項設置之監測站或設施，不得干擾或毀損。
各類港口管理機關及事業機構應評估所轄港區使用狀況，辦理港區水質及底泥檢測，並依本法及其他相關規定採取措施，以防止、排除或減輕港區之污染；必要時，直轄市、縣（市）主管機關及相關機關應配合共同採取適當防治措施。
各類港口目的事業主管機關應輔導所轄港區之污染改善。
第一項海域環境監測項目、監測站或設施設置基準、採樣分析方法、第三項各類港口之港區水質與底泥檢測及其他相關事項之辦法，由中央主管機關會商各目的事業主管機關定之。