加工外銷工廠核准登記為保稅工廠後，應於海關指定之接管日期由海關派員會同辦理盤存（簡稱接管盤存）。其盤存之原料、在製品、半成品及成品之進口稅捐，准憑保稅品盤存統計表（簡稱盤存統計表）辦理沖退稅。
已登記接管之保稅工廠每年應辦理保稅物品盤存一次（簡稱年度盤存）。年度盤存之盤存日期距上年度盤存日期，最短不得少於十個月，最長不得超過十四個月，其有特殊情形，事先報經監管海關核准者，得酌予提前或延長。但海關認有必要時，得隨時予以盤存。
前二項盤存，事後發現錯誤或漏列等情事時，得由保稅工廠在該項保稅物品未動用前向監管海關申請複查，經海關查明屬實者准予更正。但逾盤存日之翌日起二週申請者，不予受理。
保稅工廠應於盤存日之翌日起二個月內，根據盤存清冊編製盤存統計表、存倉保稅原料及成品結算報告表、自用機器、設備結算報告表、保稅原料結算報告表及其在製品、半成品及成品盤存數折合原料分析清表、出口成品及內銷成品折合原料分析清表，送交監管海關備查，必要時予以查核。但如有特殊原因，經申請海關核准者，得延長一個月，並以一次為限。
前項送交監管海關備查之各類表報，得經監管海關核准以電子媒體儲存備查。但經委託之會計師審核簽章更正相關表報內容者，不適用之。
保稅工廠年度盤存清冊，海關於核定後，得應稅捐稽徵機關要求，分送各該稽徵機關參考。
保稅工廠年度盤存得依海關所定方式申請核准實施不停工盤存或假日盤存。