保稅工廠依前條規定辦理盤存之保稅物品，如實際盤存數量與當年度帳面結存數量不符時，按下列規定辦理：
一、實際盤存數量少於帳面結存數量，如未逾盤差容許率者，准免補繳稅捐；逾盤差容許率者應於接獲海關核發之補稅通知之翌日起十日內繕具報單補繳進口稅捐。
二、實際盤存數量多於帳面結存數量，其數量大於盤差容許率者，應敘明理由報請監管海關查明原因，倘係產品單位用料量偏高者，應修訂產品單位用料清表，供次年度結算時使用。
同一種類或可相互替代流用之原料，如部分為保稅部分為非保稅，年度結算時應一併列入盤點，並按實際使用數量沖銷保稅及非保稅原料帳。未能查明其實際使用數量者，應優先沖銷保稅原料數量。非保稅原料發生盤差者，免予補稅。
保稅工廠盤差容許率，由海關分業分類公告並刊登行政院公報。
保稅工廠之保稅物品如有發生短少之情事，應於事實發生之翌日起十五日內，向海關申報並補稅。