船舶衛生檢疫費，按船舶入國（境）每次計算；其收費基準如下：
一、審查檢疫費：以電子通訊審查檢疫，每艘新臺幣一千一百五十元；以航港單一窗口審查檢疫，每艘新臺幣一千零五十元。
二、登船檢疫費：
（一）一千噸位以下：每艘新臺幣一千四百四十元。
（二）超過一千至五千噸位：客船，每艘新臺幣二千二百八十元；其餘船舶，每艘新臺幣一千八百元。
（三）超過五千至一萬噸位：客船，每艘新臺幣三千元；其餘船舶，每艘新臺幣二千四百元。
（四）超過一萬至三萬噸位：客船，每艘新臺幣三千八百五十元；其餘船舶，每艘新臺幣三千元。
（五）超過三萬至五萬噸位：客船，每艘新臺幣五千三百元；其餘船舶，每艘新臺幣四千二百元。
（六）超過五萬噸位：客船，每艘新臺幣七千五百五十元；其餘船舶，每艘新臺幣六千元。
船舶有下列情形之一者，免徵船舶衛生檢疫費：
一、遊艇：五百噸位以下者。
二、無動力駁船：其拖船，已依前項規定徵收費用者。