用地計畫留設之隔離綠帶或設施範圍內，有應拆除之既有建築物或其他不符合規定之使用情形，經載明拆除位置、寬度及範圍，並檢附申請人及土地所有權人出具之隔離綠帶或設施拆除切結書者，直轄市、縣（市）主管機關應於核定用地計畫時附加附款，明定申請人最遲應於申請廠房使用執照之前拆除及完成隔離綠帶或設施之設置，並取得農業用地變更使用同意文件，始得請領使用執照。
申請人未依核定之用地計畫完成前項附款事項者，直轄市、縣（市）主管機關應廢止用地計畫之核定、註銷核發之特定工廠使用地證明書，並將土地恢復原編定。
直轄市、縣（市）主管機關應於核定用地計畫時，依相關規定程序登錄於地政機關之土地參考資訊檔，同時副知當地建築主管機關管制其使用執照之申請。申辦廠房使用執照者，以用地計畫申請人為限，並應檢附勘驗合格通知文件。
申請人於隔離綠帶或設施留設完成後，應向直轄市、縣（市）主管機關申請勘驗。直轄市、縣（市）主管機關應於一個月內會同直轄市、縣（市）農業主管機關勘驗，並得邀集地政、建築主管機關會同辦理。
前項會勘如需改善者，應以書面通知申請人於三個月內改善完成並申請複勘。申請人屆期未改善或複勘不符合規定者，直轄市、縣（市）主管機關應依第二項規定辦理。
經勘驗合格後，直轄市、縣（市）主管機關應以書面檢附農業用地變更使用同意文件並通知申請人勘驗合格；申請人憑勘驗合格通知文件向當地建築主管機關申請使用執照。
申請人依核定用地計畫完成工廠登記後，應向直轄市、縣（市）主管機關申請刪除土地參考資訊檔參考事項內容，由直轄市、縣（市）主管機關依相關規定程序檢具刪除後之更新資料，送土地所在地地政事務所辦理更新。