依本辦法取得同意容許使用之農業設施，依法得免申請建築執照者，除第三項另有規定外，應於一年內完成興建使用，且報請原核定機關進行完工檢查。
前項農業設施屆期未興建或未報請完工檢查，或經檢查不合格，原核定機關得廢止其許可。
依本辦法取得同意容許使用之綠能設施，應於六個月內，向能源主管機關依能源相關法令規定申請同意備案，未能於六個月內申請者，得敘明理由向原申請機關申請展延，展延期限不得超過六個月；屆期未申請同意備案，或未向原申請機關申請展延，原核定機關得廢止其許可。綠能設施屬依法得免申請雜項執照者，應依設置再生能源設施免請領雜項執照標準規定辦理。
依本辦法取得同意容許使用之農業設施，依建築相關法令規定須申請建築執照者，應於六個月內向建築主管機關提出申請，未能於六個月內申請者，得敘明理由向原申請機關申請展延，展延期限不得超過六個月，並以一次為限。
依建築相關法令規定須申請建築執照，有下列情形之一者，原核准之農業用地作農業設施容許使用同意書失其效力。但本辦法中華民國九十八年三月十六日修正施行前已申請容許使用，並依原容許使用同意之內容建築使用者，得依原農業用地容許作農業設施使用同意書申請建築執照：
一、未依期限向建築主管機關申請建築執照。
二、原核准之農業用地作農業設施容許使用同意書屆期未申請展延。
三、原核准之農業用地作農業設施容許使用同意書申請展延未經同意。
依法應申請建築執照之農業設施，直轄市、縣（市）建築主管機關於發給使用執照之審查階段，應通知直轄市、縣（市）農業主管機關會審建築物是否依原核定之經營計畫內容興建。
依本辦法規定申請之綠能設施，直轄市、縣（市）農業主管機關於核發農業用地作農業設施容許使用同意書時，應併同綠能設施配置圖，副知能源主管機關。