園區事業依前條規定辦理盤存之保稅貨品與當年度帳面結存數量不符時，依下列規定辦理：
一、實際盤存數量少於帳面結存數量，未逾盤差容許率者，准免補繳稅捐，逾盤差容許率者，應於接獲海關核發之補稅通知後十日內繕具報單補繳進口稅捐、貨物稅及營業稅。
二、實際盤存數量多於帳面結存數量者，除應將超過部分之差額併入結存數外，並應說明理由，其產品用料量偏高者，應修訂產品單位用料清表，供次年度結算時使用。
園區事業之同一種類或可相互替代使用之原料或物料，其部分為保稅，部分為非保稅，於年度結算時應一併列入盤存。
園區事業之原料盤差容許率依照海關管理保稅工廠分業分類原料盤差容許率表辦理之。