專利二組置組長、副組長各一人，分六科辦事，其掌理事項如下：
一、第一科：半導體類發明專利案之審查及其行政爭訟之處理、新型專利技術報告作業及其他有關事項。
二、第二科：資訊通訊類發明專利案之審查及其行政爭訟之處理、新型專利技術報告作業及其他有關事項。
三、第三科：機械、土木、醫學工程類發明專利案之審查及其行政爭訟之處理、新型專利技術報告作業及其他有關事項。
四、第四科：光電、產業機械類發明專利案之審查及其行政爭訟之處理、新型專利技術報告作業及其他有關事項。
五、第五科：醫藥、農藥、飲食品、嗜好品、微生物、生物技術類發明專利案及醫藥品、農藥品或其製造方法延長專利權期間申請案之審查及其行政爭訟之處理、新型專利技術報告作業及其他有關事項。
六、第六科：無機化學、有機化學與高分子化學類發明專利案之審查及其行政爭訟之處理、新型專利技術報告作業及其他有關事項。
前項規定，溯自中華民國九十五年四月一日生效。