專利三組置組長、副組長各一人，分五科辦事，其掌理事項如下：
一、第一科：新式樣、物理、日用品類專利案之再審查、異議、舉發之審查及其行政爭訟之處理，專利審查基準之研擬、審查品質之檢討覆核及其他有關事項。
二、第二科：電子、電機及資訊類專利案之再審查、異議、舉發之審查及其行政爭訟之處理，積體電路電路布局登記案件之處理，積體電路電路布局權之提請鑑定、調解及特許實施，專利審查基準之研擬、審查品質之檢討覆核及其他有關事項。
三、第三科：機械、土木、醫學工程與產業機械類專利案之再審查、異議、舉發之審查及其行政爭訟之處理，專利審查基準之研擬、審查品質之檢討覆核及其他有關事項。
四、第四科：醫藥、農藥、飲食品、嗜好品、微生物、生物技術及有機化學類專利案之再審查、異議、舉發，醫藥品、農藥品或其製造方法發明延長專利權期間之審查及其行政爭訟之處理，專利審查基準之研擬、審查品質之檢討覆核及其他有關事項。
五、第五科：液晶、無機化學與高分子化學類專利案之再審查、異議、舉發之審查及其行政爭訟之處理，專利審查基準之研擬、審查品質之檢討覆核及其他有關事項。
前項規定，溯自中華民國九十五年一月一日生效。