中藥組掌理事項如左：
一、關於中藥藥政業務計畫之擬訂事項。
二、關於中藥藥政及不法中藥藥物取締工作督導事項。
三、關於中藥偽劣禁藥案件之處理事項。
四、關於中藥藥事糾紛案件之處理事項。
五、關於中藥毒劇藥品之管理事項。
六、關於取締不法中藥標示廣告之策劃、督導事項。
七、關於中藥商管理及抽查事項。
八、關於中藥商聘用管理、監製藥物人員之輔導管理事項。
九、關於中藥藥事技術之研究及獎勵事項。
十、關於中藥製造品管之指導事項。
十一、關於中藥製造、輸入之查驗、登記、給證及管理事項。
十二、關於中藥許可證展延、變更之處理事項。
十三、關於輸出中藥之證明及管理事項。
十四、關於中藥安全措施之研訂、資料之蒐集、整理、保管及報導事項。
十五、關於中藥製造、販賣、供應使用及儲存情形之調查、安全監視事項
。
十六、關於中藥與野生動物保育之管理事項。
十七、關於郵寄中藥藥品及輸入中藥樣品、贈品之審核許可事項。
十八、其他有關中藥藥政管理事項。