免稅商店之自主管理事項包括下列各項：
一、辦理免稅商店及免稅商店市區預售中心之巡視作業。
二、啟閉免稅商店門鎖，並記錄作業起訖時間。
三、點驗保稅倉庫移倉進儲之貨物。
四、辦理保稅貨物運回保稅倉庫之加封作業。
五、辦理出境旅客預購貨物進儲機場、港口管制區提貨處之加封及啟封作業。
六、辦理出境旅客預購貨物逾六個月未提領或退貨案件，運回市區免稅商店或免稅商店市區預售中心之加封作業。
七、使用海關封條（含電子封條）加封、解封及核銷規費證作業。
八、辦理准單、核准文件或放行附帶條件所指示之海關監管事項。