實施自主管理業者未依
第七條至
第十條規定辦理自主管理事項或所屬專責人員未依
第十一條規定向海關報告，由海關依關稅法
第八十六條之一規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三十萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下部分或全部自主管理事項。
實施自主管理業者有前項違規情節，且因故意或重大過失涉有私運情事者，屬違規情節重大，海關應依關稅法
第八十六條之一規定，停止六個月以下部分或全部自主管理事項，或廢止其自主管理之核准。
業者經海關依前項規定廢止自主管理之核准者，自廢止之日起一年內不得重新申請實施自主管理。