保稅倉庫之自主管理事項包括下列各項：
一、巡視倉庫。
二、啟閉倉庫門鎖，並記錄作業起訖時間。
三、點驗貨物進倉。
四、查報短裝、溢裝或破損貨物。
五、監視保稅貨物加註或更正貨物標記、箱號。
六、監視貨主辦理保稅貨物公證、抽取貨樣或看樣。
七、監視保稅貨物辦理重整。
八、查核、登記扣存或沒入貨物。
九、核實簽證逾期貨物或聲明放棄貨物之文件。
十、核實簽證已列拍賣或變賣貨物清單之文件。
十一、點驗保稅貨物出倉。
十二、使用海關封條（含電子封條）加封、解封及核銷規費證作業。
十三、監視出倉進口食品加貼中文標示作業。
十四、監視保稅貨物銷毀、破壞作業。
十五、監視倉庫地腳品完稅提領出倉。
十六、辦理准單、核准文件或放行附帶條件所指示之海關監管事項。