保育治理組掌理事項如下：
一、集水區整體調查、調適規劃之研擬及推動。
二、土砂運移觀測與收支之規劃、研究及發展。
三、工程構造物維護管理之規劃、研究及發展。
四、工程環境友善與減碳增匯措施之規劃、研究及發展。
五、水土保持與治山防災工程之規劃、設計、推動及督導。
六、大規模崩塌處理工程之規劃、設計、推動及督導。
七、韌性坡地保育措施之規劃、研究及發展。
八、農地水土保持與植生綠化工程之規劃、設計、推動及督導。
九、農村與防災道路系統工程之補助、規劃、設計、推動及督導。
十、其他有關保育治理事項。