稽核室分科及職掌如下：
一、稽核第一科：
(一) 有關內部稽核計劃研擬、執行及稽核報告之編撰事項。
(二) 有關承保業務內部稽核事項。
(三) 有關醫務管理及醫療給付業務內部稽核事項。
(四) 有關資訊業務內部稽核事項。
(五) 其他有關內部業務稽核事項。
二、稽核第二科：
(一) 有關外部稽核計劃研擬、執行及稽核報告之編撰事項。
(二) 有關投保單位保險業務之稽核事項。
(三) 有關特約醫事服務機構保險業務之稽核事項。
(四) 有關專案調查事項。
(五) 有關各分局辦理特約醫事服務機構訪查督導事項。
(六) 其他有關外部業務稽核事項。
三、稽核第三科：
(一) 有關財務、帳務稽核計劃之研擬、執行及稽核報告之編撰事項。
(二) 有關保險財務之稽核事項。
(三) 有關保險帳務之稽核事項。
(四) 其他有關財務稽核事項。