醫務管理處分科及職掌如下：
一、醫務行政科：
(一) 有關醫事服務機構特約及管理法令規章之研訂事項。
(二) 有關特約醫事服務機構合約書修正之研訂事項。
(三) 有關醫事服務機構特約流程之作業事項。
(四) 有關特約醫事服務機構之輔導、管理及督導事項。
(五) 有關預防保健、居家照護業務之規劃事項。
(六) 有關聯合門診中心業務之督導事項。
(七) 其他有關醫務行政事項。
二、支付標準科：
(一) 西醫支付制度及支付標準之研訂事項。
(二) 牙醫支付制度及支付標準之研訂事項。
(三) 中醫支付制度及支付標準之研訂事項。
(四) 有關醫療費用協定之研擬事項。
(五) 支付標準未列項目之核定。
(六) 其他有關醫療費用支付標準事項。
三、藥品特材科：
(一) 有關特殊材料價格之審核、調查及調整事項。
(二) 有關藥品價格之審核、調查及調整之研擬事項。
(三) 有關新藥申請案件之審查及相關規定研擬事項。
(四) 有關藥事小組審議藥品相關事宜之業務連繫事項。
(五) 其他有關特殊材料、藥品之保險管理事項。
四、醫療查處科：
(一) 有關特約醫院診所之違規查處事項。
(二) 有關特約藥局之違規查處事項。
(三) 有關其他特約或指定醫事服務機構之違規查處事項。