本局設各組、室，分別掌理下列事項：
一、港務組：設港灣、航管二課，並在航管課下設信號台，分別掌理港灣
設施、船舶指泊、營運船舶之管理、信號指揮等事項。
二、業務組：設營運、管理二課，分別掌理港埠業務規劃、營運、碼頭工
人管理等事項。
三、工務組：設設計、工事、機料三課，分別掌理各項工程之規劃、設計
、考核、發包、訂約、船機規格審查、材料採購、存儲、維護及接受
委託代辦工程等事項。
四、航政組：設技術、監理二課，分別掌理船舶檢丈、監理及海事評議等
事項。
五、秘書室：設第一、第二、第三及第四課，分別掌理研究發展、管制考
核、港區動員、公共關係、文書印信、庶務、財產、現金出納、員工
保健及不屬其他組、室掌理之事項。