搬運課掌理下列事項：
一、辦理本處文書、財產等行政綜合業務事項。
二、搬運業務、碼頭裝卸作業機具設備安全之規劃事項。
三、登載船舶進出港動態及裝卸噸量、工作效率等表報之統計事項。
四、裝卸區各項業務報表之編製及審核事項。
五、辦理管道及自動化輸送帶裝卸稽核業務事項。
六、港區各民營裝卸機構現場作業裝卸噸量、滯留貨物（費）等之稽核事項。
七、港埠裝卸作業技術之研究與建議事項。
八、港區各民營裝卸機構之作業秩序督導、查察事項。
九、港區各民營裝卸機構之現場作業爭議調處事項。
十、搬運裝卸作業處理及檢討改進事項。
十一、其他交辦事項。