管理組掌理事項如下：
一、替代役役男管理政策之規劃、推動與服勤管理相關法規之擬（訂）定、解釋及執行。
二、替代役督考工作之規劃、推動及執行。
三、替代役役男諮商輔導與輔導教育工作之規劃、推動及執行。
四、替代役役男公益服務之規劃、推動及執行。
五、替代役役男申訴案件之調查、處理。
六、替代役役男重大事故通報及爭議之處理。
七、替代役役男服勤、生活與紀律管理之規劃、推動及執行。
八、替代役役男役籍管理、折抵役期之規劃、督導與服役期滿退役之核定及證書之製發。
九、替代役役男因案停役及其回役之處理。
十、其他有關替代役管理事項。