入出國事務組掌理事項如下：
一、入出國政策與制度之規劃、推動及督導。
二、入出國相關法規制（訂）定、修正、解釋之研擬及執行。
三、施政計畫與重要方案之研究發展及管制考核。
四、臺灣地區人民入出國及進入大陸地區之規劃、執行；臺灣地區公務員及特定身分人員進入大陸地區許可之審理。
五、大陸地區人民、香港或澳門居民、臺灣地區無戶籍國民及外國人生物特徵資料建檔之規劃。
六、大陸地區人民、香港或澳門居民、臺灣地區無戶籍國民與外國人入國（境）停留之規劃及聯繫。
七、入出國管制之規劃及執行。
八、大陸地區人民以專業、商務事由入境許可之審理。
九、其他有關入出國事項。