第三型再生能源發電設備於運轉期間，因設備老舊、損壞或其他相關事由，申請更換與裝置容量有關之設備者，應經由輸配電業核轉主管機關同意後，始得更換，且更換設備後之總裝置容量不得超過原設備登記文件所記載之總裝置容量。
自中華民國一百十五年一月一日起，第三型太陽光電發電設備申請全數更換為符合申請年度台灣高效能太陽光電模組技術規範試驗要求之模組，且更換後總裝置容量為原設備登記文件所記載之總裝置容量以上者，其更換程序準用前項規定。但經輸配電業確認設置場址尚有剩餘可併網容量且出具證明文件者，其更換設備後之總裝置容量不受前項規定之限制。
前項設備設置於地面或水面，而有下列情形之一者，其申請應另檢附用地主管機關同意證明文件：
一、該設備依申請農業用地作農業設施容許使用審查辦法規定結合漁業經營設置。
二、該場址未達二公頃，且依農業主管機關同意農業用地變更使用審查作業要點規定應徵得農業主管機關同意始得變更使用。
第一項及第二項更換，應自主管機關同意之日起一年內完成更換及併網；必要時，得於屆期前二個月內敘明理由，向主管機關申請展延，展延期限不得逾六個月，並以二次為限。如因而有暫停計算電能躉售期間之必要者，應同時申請，其期間之計算，與更換之期間同。
第一項及第二項與裝置容量有關之設備更換後，應檢附
第十三條第一項第二款至第九款文件報請主管機關備查，但設備更換未併同變更其設備所包含支撐結構者，免附同條項第七款文件；設置於建物之第三型太陽光電發電設備依第一項規定申請更換，且一年內更換之模組累計裝置容量未達總裝置容量百分之五十者，免附同條項第五款後段文件。符合第二項所定情形者，應另檢附太陽光電發電設備模組回收費用完納證明文件。
經主管機關同意依第二項規定更換模組且依前項規定完成備查之第三型太陽光電發電設備，設置者後續依第一項規定申請更換模組者，其更換後模組仍應符合台灣高效能太陽光電模組技術規範，且其試驗標準等事項不得低於原備查所適用年度之規範。