績效評鑑以書面評鑑為原則；必要時得採實地查證方式進行。績效評鑑分為自評、複評及核定等三階段，其辦理時程如下：
一、自評：資安院應配合年度決算於會計年度終了後三個月內擬具年度績效自評報告，提經董事會通過後，送數位部複評。
二、複評：數位部收受前款年度績效自評報告後，應交評鑑會辦理複評。評鑑會複評時，參酌前款年度績效自評報告及其他相關資料，於評鑑年度次年五月三十一日以前作成年度績效評鑑報告。
三、核定：數位部應於評鑑年度次年六月三十日以前核定年度績效評鑑報告。
前項實地查證，應經評鑑會會議決議，並應有評鑑委員三人以上出席。
年度績效評鑑報告於核定後二週內，由數位部依政府資訊公開法相關規定主動公開。
數位部應於評鑑年度次年八月三十一日前，就年度績效評鑑報告提出分析報告，送立法院備查。