會計室分設二科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
(一) 關於本院歲入、歲出預 (概) 算之籌劃、審核及彙編事項。
(二) 關於本院歲入、歲出分配預算之擬編、修正事項。
(三) 關於本院歲入、歲出決算之編製事項。
(四) 關於本院歲出預算按分支計畫分配執行及控制事項。
(五) 關於本院經費之流用及保留事項。
(六) 關於本院請撥統籌科目經費及動支預備金案件之審核及申請事項。
(七) 關於本院歲入、歲出追加 (減) 預算之申請事項。
(八) 關於本院每日發售參觀券存根之點收核計、至善園入園投幣之會同
監點及其他歲入款之審核事項。
(九) 關於本院歲出之審核事項。
(十) 關於本院歲出預算依據採購法規之會同監辦事項。
(十一) 關於本院付款及轉帳憑單之編製及電子傳輸與歲入記帳憑證之編
製事項。
(十二) 關於本院會計室文書之收發、處理及檔案之管理事項。
(十三) 關於本院統計事項。
(十四) 其他有關歲計及內部審核事項。
二、第二科：
(一) 關於本院經費類 (付款憑單除外) 及基金各項記帳憑證之編製事項
。
(二) 關於本院基金各種帳籍之登記、結算事項。
(三) 關於本院歲入與經費類及基金月份會計報告之編製事項。
(四) 關於本院基金決算之編製事項。
(五) 關於本院歲入與經費類及基金會計憑證、簿籍之保管事項。
(六) 關於本院歲入與經費類及基金財務會計管理資訊系統之配合建立事
項。
(七) 關於本院歲入與基金原始憑證之保管及經費類原始憑證之送審事項
。
(八) 關於本院代收、代付、保管、暫收等各項財務收支審核及登記辦理
事項。
(九) 關於本院基金類各項支出之審核事項。
(十) 關於本院基金依據採購法規之會同監辦事項。
(十一) 關於本院財產、物品之增減統制紀錄事項。
(十二) 關於本院基金法規之研議事項。
(十三) 關於基金年度預 (概) 算之籌劃及編審事項。
(十四) 關於基金分期實施計畫及收支估計表之審編事項。
(十五) 關於本院單位預算與基金分期實施計畫及收支估計執行績效報告
之編製事