收費時數以同一日屠宰場登記證書所載同一屠宰線為計算基準，並應依下列規定認定之：
一、實際檢查時數較申請預定屠宰作業時間長者，其實際檢查時數超過規定時數之部分為收費時數。
二、實際檢查時數較申請預定屠宰作業時間短者，且未依屠宰衛生檢查規則
第三條之二第二項規定事前報請中央主管機關同意變更者，其申請預定屠宰作業時間超過規定時數之部分為收費時數。
三、申請數個屠宰衛生檢查時段者，其各時段申請預定屠宰作業時間加總後，超過規定時數之部分為收費時數。但各時段之實際檢查時數超過申請預定屠宰作業時間者，應將實際檢查時數與申請預定屠宰作業時間之差額併予列計加總後，超過規定時數之部分為收費時數。
四、休息時間以分鐘為計算單位，於各屠宰衛生檢查時段八分之一範圍內，不算入收費時數。
家畜屠宰場申請緊急屠宰衛生檢查者，依申請預定屠宰作業時間為收費時數，不適用前項規定。