國家講座主持人由大學就具有前條第一項資格者，於校內進行實質審核，並提報校級教師評審委員會通過後，報本部推薦；各大學每一類科至多以推薦四人為限，並由本部遴選之。
國家講座主持人具前條第一項第一款或第二款資格，且取得該類科領域非本人之中央研究院院士或國家講座獲獎人三名連署推薦者，經提報校級教師評審委員會通過後，併同學校推薦案件報本部推薦；其名額不受前項規定限制。但外加名額以原有名額之一倍為限。
本部遴選國家講座主持人之程序如下：
一、依學術領域設置人文及藝術、社會科學、數學及自然科學、生物及醫農科學、工程及應用科學五類科，分別組成審議小組，聘請聲望卓著之學者、專家九人至十一人擔任委員，並由本部學術審議會（以下簡稱學審會）之工作小組指定召集人。
二、審議小組就推薦案件學術研究及教學表現詳細審閱並充分討論後，進行初審。
三、初審通過者由審議小組將每一被推薦人之相關資料，分別送請學者、專家三人或四人評審後，再由審議小組進行複審，並向工作小組推薦講座候選人。
四、工作小組應就前款被推薦講座候選人各項審查結果審議後，擬具講座候選人名單，提請學審會全體委員會議審議。
五、學審會全體委員會議審議結果，應有全體委員二分之一以上之出席及依下列規定之一通過，並依得票數高低遴選講座主持人：
（一）出席委員三分之二以上之同意。
（二）出席委員過半數之同意，且被推薦講座候選人所屬類科委員二分之一以上之出席及經該類科出席委員三分之二以上之同意。
六、遴選之講座主持人數未足額時，經學審會全體委員會議二分之一以上之委員出席及出席委員過半數之同意，得繼續進行投票一次；其投票結果仍未達前款所定同意數者，該部分之名額從缺。