智慧財產及商業法院管轄案件如下：
一、依專利法、商標法、著作權法、光碟管理條例、營業秘密法、積體電路電路布局保護法、植物品種及種苗法或公平交易法所保護之智慧財產權益所生之第一審及第二審民事事件，及依商業事件審理法規定之商業事件。
二、因刑法
第二百五十三條、
第二百五十四條、
第三百十七條、
第三百十八條之罪或違反商標法、著作權法及智慧財產案件審理法
第七十二條至
第七十四條案件，不服地方法院依通常、簡式審判或協商程序所為之第一審裁判而上訴或抗告之刑事案件；營業秘密法
第十三條之一、
第十三條之二、
第十三條之三第三項及
第十三條之四之第一審刑事案件；營業秘密法之第二審刑事案件；國家安全法
第八條第一項至第三項之第一審刑事案件。但少年刑事案件，不在此限。
三、因專利法、商標法、著作權法、著作權集體管理團體條例、光碟管理條例、積體電路電路布局保護法、植物品種及種苗法或公平交易法涉及智慧財產權所生之第一審行政事件及強制執行事件。
四、其他依法律規定或經司法院指定由智慧財產及商業法院管轄之案件。