機關公文電子交換作業發文處理程序及應注意事項如下：
一、公文於電子交換前應先校對無誤，經列印者並得做成抄本（件），併同原稿退件或歸檔。
二、發文作業人員應輸入識別碼、通行碼或其他識別方式，於電腦系統確認相符後，始可進行發文作業。
三、檢視電腦系統已發送之訊息。
四、行文單位兼有電子交換及非電子交換者，應列示其清單，以資識別。
五、電子交換後，得於公文原稿標明「已電子交換」戳記，並辦理歸檔。
六、透過電子交換之公文，至遲應於次日在電腦系統檢視發送結果，並為必要之處理。發文機關得視需要，將所傳遞公文及發送紀錄予以存證。