附表一所列特定對象之事業，排放廢（污）水之污染物項目，經直轄市、縣（市）主管機關認定有危害生態或人體健康之虞者，其水措計畫或排放許可證（文件）申請、變更，核發機關應先依本辦法相關規定予以准駁。直轄市、縣（市）主管機關並應通知事業於十八個月內提出風險評估與管理報告，屆期無法提出者，得於屆滿前三十日向直轄市、縣（市）主管機關提出展延申請，展延申請以一次為限，展延期限最長不得超過六個月。未依規定期間提出風險評估與管理報告者，涉及放流水標準管制以外之污染物項目部分，不得運作。
直轄市、縣（市）主管機關完成風險評估與管理報告之審查後，應通知事業限期換發水措計畫或排放許可證（文件），依審查結果於事業之水措計畫或排放許可證（文件）登記該放流水標準管制以外之污染物項目排放濃度或總量限值。未換發登記者，涉及放流水標準管制以外之污染物項目部分，不得運作。
水措計畫申請、變更由中央主管機關委託之機關受理者，直轄市、縣（市）主管機關應將風險評估與管理報告審查結果通知中央主管機關委託之機關納入水措計畫登記。