海洋污染防治費之繳費義務人，應於每年一月三十一日前，完成申報前一年七月至十二月之海洋污染防治費；每年七月三十一日前，完成申報當年一月至六月之海洋污染防治費；停業或歇業者，應自事實發生之日起三十日內，完成申報事實發生之日前之海洋污染防治費，並於中央主管機關指定之期限內繳納。
海洋污染防治費之繳費義務人應依中央主管機關規定之格式，以網路傳輸方式填具申報書向中央主管機關申報。但經中央主管機關同意者，得以書面方式申報。
中央主管機關應審查核算並核定海洋污染防治費費額，通知繳費義務人於期限內向中央主管機關指定金融機構代收專戶繳納海洋污染防治費。
繳費義務人超過繳費期限九十日未完成費額繳納，經中央主管機關限期催繳仍未繳納者，依行政執行法相關規定辦理。