法院受理使用電腦設備聲請依督促程序發支付命令之事件，應依下列程序辦理：
一、作業平台將當日繳費扣款紀錄整批轉入各法院收費系統後，收費人員應於翌日為其他收費作業前，先核對收費系統之收據清單，與作業平台所查詢之入帳金額、筆數及代辦國庫事務之金融機構所提供督促程序電子繳費明細表及總表入帳金額無訛後，將自行收納款項收據，連同收據清單，交付分案人員簽收；各法院出納單位填具繳款書將入帳金額解繳國庫；會計單位於審核前開收據及繳款書無誤後編製傳票記帳。
二、作業平台將完成線上繳納聲請費之事件整批轉檔存入聲請人指定之法院暫存區後，各法院收發單位應將收案清單交付分案人員。
三、各法院分案單位收受收案清單後，應即分由專股辦理，並將分案清單、卷面、聲請狀，連同該案自行收納款項收據編製成卷後交付書記官。
四、書記官收案後，應即交承辦法官或司法事務官為准駁之裁定，並按督促程序辦理。