衛生福利處分設三科，各科掌理事項如下：
一、衛生保健科：
(一) 原住民族健康政策、制度、法規之規劃、建立、擬訂及研議事項。
(二) 原住民族醫療保健與醫療網之協調、促進及輔導事項。
(三) 原住民族公共衛生協調、促進及輔導事項。
(四) 原住民族健康促進之規劃、協調及輔導事項。
(五) 原住民族健康保險之規劃、協調及輔導事項。
(六) 原住民族醫療補助之規劃、協調及輔導事項。
(七) 原住民族衛生工作之研究發展事項。
(八) 其他原住民族醫療、衛生、保健之協調及促進事項。
(九) 本處施政計畫與預算之編擬、彙整及管制事項。
(十) 不屬本處其他各科及統籌性質之綜合事項。
二、社會福利科：
(一) 原住民族社會福利政策、制度、法規之規劃、建立、擬訂及研議事
項。
(二) 原住民族社會救助之規劃、補助、協調及督導事項。
(三) 原住民族社會保險之規劃、補助、協調及督導事項。
(四) 原住民族社會服務之規劃、補助、協調及督導事項。
(五) 原住民社會工作制度之規劃、建立及督導事項。
(六) 原住民族福利服務之規劃、補助、協調及督導事項。
(七) 原住民族社會福利及社會工作有關國際聯繫交流活動事項。
(八) 原住民民間團體之聯繫、輔導及服務事項。
(九) 其他有關原住民族會福利之研究、協調及促進事項。
三、就業服務科：
(一) 原住民族就業促進政策、制度、法規之規劃、建立、擬訂及研議事
項。
(二) 原住民族職業訓練、就業服務之規劃、協調及督導事項。
(三) 原住民族失業扶助之規劃、協調及督導事項。
(四) 原住民族合作社之籌設、社員培訓、營運發展及督導事項。
(五) 原住民族就業狀調查之規劃、協調及督導事項。
(六) 原住民族工作職場就業歧視與勞資糾紛之協調及扶助事項。
(七) 原住民族就業基金之規劃、協調、管理及運用項。
(八) 原住民就業促進委員會議及原住民就業促進行政會報之召開事項。
(九) 其他有關促進原民族就業之協調事項。