行政院衛生署檢疫總所 (以下簡稱本所) 掌理左列事項：
一、進出口船舶、航空器及其工作人員、旅客及物品之檢疫事項。
二、港口、航空站、船舶、航空器等之衛生管理事項。
三、滅蟲、滅鼠及蒸燻消毒之督導、管理事項。
四、預防接種與國際預防接種證書之簽發及管理事項。
五、船舶、航空器工作人員及旅客醫療救護之規劃督導事項。
六、防止傳染病傳入、傳出事項。
七、有關檢疫之檢驗事項。
八、國內疫情之監視、調查、報告、協調及處理事項。
九、國際疫情之蒐集、交換、調查及報告事項。
十、突發不明原因疫病之應變及處理事項。
十一、支援地方衛生機關辦理傳染病防治事項。
十二、其他有關檢疫事項。