會計室掌理事項如下：
一、關於籌編公務及作業基金之概算、預算及決算事項。
二、關於追加、減預算及動支預備金事項。
三、關於財務上增進效能及減少不經濟支出之研究建議及其他報告事項。
四、關於公務及作業基金預算之執行財物審核事項。
五、關於公務及作業基金各類記帳憑證之編製及保管事項。
六、關於公務及作業基金各類帳簿之編製及保管事項。
七、關於公務及作業基金各類會計報表編製及保管事項。
八、關於基金製造費用、人工成本分配、分析、比較、報表之編製。
九、關於基金材料及成本帳目之登記事項。
十、關於本局及製藥工廠之現金、材料、成品、財物盤點事項。
十一、關於統計資料之搜集、整理、圖表及報告之編製及保管。
十二、關於財產帳目之登記事項。
十三、其他交辦事項。