捕撈漁船取得當年度作業許可者，始得核給當年度配額。
未取得全年度作業許可者，依許可月數占全年度之比率核給配額。捕撈漁船之經營者變更，原經營者所使用配額，超過其許可月數占全年度之比率時，核給新經營者該船當年度未使用之單船許可配額。
捕撈漁船有下列情形之一者，主管機關收回當年度未使用之單船許可配額：
一、船體滅失或受損致當年度顯無作業可能。但受讓他船之配額不予收回。
二、漁業證照經主管機關撤銷或廢止。
三、遠洋漁業作業許可經主管機關撤銷或廢止。
前二項所稱單船許可配額，指主管機關依本辦法核給之單船配額、受讓、申請分配與獎勵配額之總和，並扣除該船轉讓、減少及收回之配額。