中央對直轄市、縣（市）政府補助款之撥付及執行，除應依各機關單位預算執行要點有關規定辦理外，並依下列原則處理：
一、中央各機關應依各項計畫實際經費需求或發包金額及執行進度核實撥款，並於撥款時通知直轄市、縣（市）政府。
二、各項計畫經費執行結果有賸餘，其賸餘應按中央補助比率繳回國庫。但補助款賸餘未超過新臺幣十萬元時，該受補助之直轄市、縣（市）政府得免予繳回。
三、直轄市、縣政府對所轄山地原住民區、鄉（鎮、市）公所有中央各機關補助款未予轉撥情形，經中央主管機關協調仍未轉撥且經核定屬災害或緊急事項、配合中央重大政策或建設事項，應於一定期間內完成者，中央各機關得逕撥各山地原住民區、鄉（鎮、市）公所；逕撥後之處理原則比照前二款規定辦理。已撥直轄市、縣政府之款項應予追繳；直轄市、縣政府未配合辦理繳回者，由其當年度或以後年度之補助款予以扣減抵充。