總務處掌理下列事項：
一、除另有規定外，院本部經管之土地、財產、物品、車輛、宿舍、辦公處所、集會及環境景觀等管理事項。
二、院本部經管之營建、機電工程、財物及勞務採購事項。
三、本院工友管理事項。
四、環境保護暨安全衛生設施、設備之操作、維護及管理事項。
五、安全衛生管理及醫療保健等相關事項。
六、院本部主辦之營建、機電等相關工程事項。
七、院本部經管之設備、設施等修繕及維護事項。
八、經費出納管理事項。
九、院本部所屬館舍之營運管理事項。
十、協助各研究所、研究所籌備處及研究中心辦理營繕、機電工程及房舍修建事項。
十一、國家生技研究園區相關設施之管理、營運及維護事項。
十二、院長交辦事項。