生物醫療廢棄物除中央主管機關另有規定外，應先經中間處理，其處理方法如下：
一、基因毒性廢棄物：以熱處理法或化學處理法處理。
二、廢尖銳器具：以熱處理法處理或滅菌後粉碎處理。
三、感染性廢棄物：以熱處理法處理。但廢棄之微生物培養物、菌株及相關生物製品、手術或驗屍廢棄物、實驗室廢棄物、透析廢棄物、受血液及體液污染廢棄物，得經滅菌後破壞原型處理；未破壞原形者，應於包裝容器明顯處標示產出事業名稱、滅菌方式、滅菌操作人員或事業名稱、滅菌日期及滅菌效能測試結果。
滅菌法之處理標準、操作規定及滅菌效能測試之標準程序，依中央主管機關之規定辦理。