環境保護組設綜計、稽查、環工三科及清潔隊，分別掌理下列事項：
一、商港區域外環保業務處理及交流事項。
二、商港區域內環境保護、環保工程規劃及管理事項。
三、商港區域內污染防制、稽查、取締、告發、移送、處分事項。
四、商港區域內年度環境清潔督導檢查、防治公害及美化環境執行方案績效考核事項。
五、商港區域內環境品質監測系統設置、操作、維護及資料芨集整理事項。
六、商港區域內重大考染事件緊急應變通報及處理事項。
七、商港區域內生態保育及植裁綠化工作事項。
八、商港區域內環保工程規劃、管理及環境影響評估與監測事項。
九、商港區域內環境清潔、衛生管理事項。
十、船舶污油水收受處理事項。
十一、其他交辦事項。