航政組設技術、監理、海事三科，掌理下列事項：
一、船舶檢查丈量及建造、改造船圖審核事項。
二、解體船審核事項。
三、載客船舶適航性抽查事項。
四、船舶進出港簽證事項。
五、船舶登記、註冊及監理事項。
六、船舶運送業監理事項。
七、船務出租業監理事項。
八、船務代理業監理事項。
九、海運承攬運送業監理事項。
十、貨櫃業散站經營業監理事項。
十一、打撈業管理事項。
十二、船員、引水人及動力小船駕駛人監理事項。
十三、船舶海事案件調查及海事評議事項。
十四、船舶航海及輪機記事簿核閱簽證事項。
十五、兩岸航運運輸監理事項。
十六、馬祖地區試辨兩岸通航航政監理事項。
十七、其他交辦事項。