船舶交通管制組設管制及航訊二科，分別掌理下列事項：
一、船舶進出港口及港內航行交通管制事項。
二、船舶交通服務系統設備使用、維護、管制事項。
三、船舶反進出港秩序之資料蒐集事項。
四、對違反道航行制及逕駛入管制區之船舶警告、登載事項。
五、港內（外）錨泊船之監控事項。
六、海事（難）事件通報及颱風期間外籍漁船進港之管制配合處理事項。
七、航船布告及國軍射擊之發布公告及與相關單位簽定港口管制支援協定事項。
八、船岸通訊規劃及水道圖誌保管、修訂事項。
九、船舶交通管制人員教育訓練之計畫執行與考核事項。
十、其他交辦事項。